Plusieurs types de microscopies électroniques sont disponibles à l'IRAMIS :

• - Microscopie à transmission (TEM : Transmission Electron Microscope), qui permet d'atteindre les plus hautes résolutions par diffusion/difffraction d'un faisceau d'électrons à travers un échantillon ultra-mince

• - Microscopie MEB et MEB-FEG (SPAM et SIS2M), ou microscopie à balayage, pour laquelle un faisceau d'électrons balaye la surface  de l'échantillon permettant d'obtenir une image de sa surface. 
  Le canon à émission de champ (FEG : Field Emission Gun) permet d'obtenir une  très haute brillance pour une taille de source réduite.

• - Microscopie LEEM (Low Energy Electron Microscopy / PEEM (PhotoEmission Electron Microscopy) au SPCSI.
  Dans La microscopiei LEEM, les électrons lents (énergie des électrons de quelques électron-volts, lors de l'interaction) sont rétrodiffusés à la surface d'un échantillon, que l'on peut ainsi visualiser avec une une très haute résolution.
  Ce microscope permet aussi l'image de la surface à partir des électrons photoémis suite à un éclairement laser ou rayonnement synchrotron (PEEM : Photo-Emission Electron Microscopy).